Si stima che la formazione delle grotte sia riconducibile a circa due milioni di anni fa e, ancora oggi, solo gli speleologi più esperti ne conoscono gli anfratti più remoti e misteriosi.
Furono scoperte nel XIII secolo da alcuni pescatori locali, anche se le diverse tracce risalenti al neolitico fanno pensare che fossero conosciute e utilizzate già dal tempo.

Dal XVIII secolo, le Coves de Neptù, in catalano, costituirono un’importante attrazione turistica, diventando in poco tempo il fiore all’occhiello dell’Area Marina Protetta di Capo Caccia.
L’iniziale accesso alla grotta, però, era possibile esclusivamente via mare e solo in condizioni ottimali per la navigazione. Questo causò diversi problemi a numerose personalità in visita nella città catalana e desiderose di visitare le ormai famose cavità carsiche.

Per questo motivo, già dall’800, nacquero idee e progetti che cercavano di ovviare all’impossibilità di accesso via terra, alcuni anche molto fantasiosi.
Dal 1959, anno dell’inaugurazione della Escala del Cabirol, è possibile arrivare anche via terra all’imboccatura delle grotte.